Useiden CT:iden yhdistäminen kolmivaiheiseen järjestelmään{0}} vaatii järjestelmällistä huomiota vaiheiden tunnistamiseen, napaisuuteen ja kytketyn laitteen erityisvaatimuksiin. Kolmivaiheiset järjestelmät voidaan konfiguroida 3-vaiheiseksi 4-johtimiseksi Wye-, 3-vaiheiseksi 3-johtimiseksi suoraksi liitoksiksi tai 3-vaiheiseksi 3-johtimiseksi avoimeksi kolmioksi, ja CT-liitäntäjärjestely riippuu järjestelmän kokoonpanosta.
Tavallisessa kolmivaiheisessa järjestelmässä jokaiseen vaihejohtimeen-L1, L2 ja L3 on asennettu yksi CT. CT:t kutsutaan usein CT1:ksi, CT2:ksi ja CT3:ksi. Jokaisen CT:n ensiöpuolensa on kytketty sarjaan vastaavan vaihejohtimen kanssa ja toisiopuoli on kytketty mittaus- tai suojalaitteeseen.
Energian mittausta varten kunkin CT:n S1-johdin liitetään vastaavaan mittarin virrantuloliittimeen. Kaikkien kolmen CT:n S2-johtimet on tyypillisesti kytketty yhteen ja maadoitettu yhdestä pisteestä. S1-johdin (usein valkoinen) liitetään tuloliittimeen ja S2-johdin (usein musta) viereiseen liittimeen jokaista vaihetta varten. On olennaista, että CT-valvonta kunkin vaiheen kanssa sovitetaan samasta vaiheesta tulevan jännitteen kanssa. CT1:n on valvottava samaa vaihetta kuin L1:n mittariin kytketty jännite, CT2:n on valvottava samaa vaihetta kuin L2 ja CT3:n on valvottava samaa vaihetta kuin L3-.
Suojareleiden kytkentäjärjestely voi olla monimutkaisempi. Muuntajan differentiaalisuojauksessa CT-liitäntöjen tulee ottaa huomioon tehomuuntajan ensiö- ja toisiopuolen välinen vaihesiirto. Jos muuntajan ensiökäämi on kolmio-kytketty, ensiö-CT:t on kytketty tähtiin; jos muuntajan toisiokäämi on kytketty tähti-, toisio-CT:t on kytketty kolmioon. Tämä kompensoi 30 asteen vaihesiirtoa ja varmistaa, että releeseen tulevat virrat ovat samassa vaiheessa normaaleissa olosuhteissa.
Kolmivaiheisissa järjestelmissä maasulkusuojaus voi käyttää erillistä nolla-sekvenssiä, joka on asennettu kaikkien kolmen vaihejohtimen ympärille. Tässä kokoonpanossa CT havaitsee jäännösvirran, joka kulkee vain maasulun sattuessa. Suojaussovelluksissa, joissa CT on kytketty maavuotoreleen, nollajohdin ja kaikki jännitteiset johtimet on johdettava CT-aukon läpi, kun taas maadoitusliitäntää ei saa viedä CT:n läpi.
Tietystä sovelluksesta riippumatta kaikkien kolmivaiheisen järjestelmän CT:iden on valvottava virtaa samaan suuntaan. Kun käytetään summaus-CT:tä, ensimmäinen CT tulee liittää liittimiin P1 ja P2, kun taas toinen CT tulee liittää summa-CT:n liittimiin P3 ja P4. On tärkeää, että kaikki CT:t valvovat virtaa samaan suuntaan. Toisiopiiri on maadoitettava yhdessä pisteessä ja jokaisen CT:n napaisuus on tarkistettava, jotta sekä mittaus- että suojaustoiminnot toimivat oikein.